Koperasi Merah Putih melibatkan beberapa kementerian dan lembaga dalam pelaksanaannya. Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah (KemenKopUKM) menjadi motor penggerak utama, sementara Kementerian lain seperti Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi (Kemendes PDTT), Kementerian Dalam Negeri, dan Kementerian Keuangan juga terlibat. Selain itu, pemerintah daerah (provinsi, kabupaten/kota, dan desa) juga memiliki peran penting dalam pembentukan dan pengawasan koperasi ini. 

Berikut adalah rincian kementerian dan lembaga yang terlibat:

1. Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah (KemenKopUKM): Sebagai inisiator program, KemenKopUKM bertanggung jawab atas pembentukan dan pengembangan Koperasi Merah Putih. 

2. Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi (Kemendes PDTT): Berperan dalam memastikan program Koperasi Merah Putih selaras dengan pembangunan desa. 

3. Kementerian Dalam Negeri: Membantu koordinasi dengan pemerintah daerah dalam pelaksanaan program. 

4. Kementerian Keuangan: Terkait dengan penyaluran anggaran dan pengelolaan keuangan terkait program. 

5. Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP): Melakukan pengawasan terhadap pengelolaan keuangan koperasi. 

6. Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK): Melakukan pengawasan dan pencegahan korupsi dalam pelaksanaan program. 

7. Pemerintah Daerah (Provinsi, Kabupaten/Kota, dan Desa): Terlibat dalam pembentukan, pengawasan, dan pendampingan koperasi di wilayah masing-masing. 

8. Dinas Koperasi dan UKM: Di tingkat provinsi dan kabupaten/kota, dinas ini bertanggung jawab memonitor perkembangan koperasi dan memberikan pembinaan. 

9. Notaris Pembuat Akta Koperasi (NPAK): Memiliki peran dalam memfasilitasi proses pendirian koperasi. 

10. Satuan Tugas (Satgas) Koperasi Desa Merah Putih: Beberapa lembaga pemerintah dan badan non-pemerintah tergabung dalam Satgas ini, termasuk Kementerian Koordinator Bidang Pangan, Kementerian Koperasi, dan lainnya. 

Melalui Instruksi Presiden Nomor 9 Tahun 2025, pemerintah menargetkan pembentukan 80.000 Koperasi Desa/Kelurahan Merah Putih, yang melibatkan sinergi antara berbagai kementerian, lembaga, dan pemerintah daerah.